Національний науковий центр «Інститут судових експертиз ім. Засл. проф. М. С. Бокаріуса» — одна з найдавніших державних судово-експертних установ України. На сучасному етапі розвитку ННЦ «ІСЕ ім. Засл. проф. М. С. Бокаріуса» є ініціатором запровадження європейського досвіду в роботу судово-експертних установ України, установою з високим рівнем проведення найскладніших експертних досліджень і новітніх наукових розробок, що мають теоретичне та практичне значення й украй необхідні для високого рівня експертного забезпечення правосуддя в державі.
1923 року Уряд УСРР створив у системі Народного комісаріату юстиції обласні кабінети науково-судової експертизи — у Києві, Одесі й Харкові.Кабінет науково-судової експертизи в Харкові очолив Микола Сергійович Бокаріус. За його ініціативою 1925 року харківський кабінет реорганізували в Інститут науково-судової експертизи, незмінним керівником якого впродовж 1925—1931 року він був. По смерті М. С. Бокаріуса, 1931 року, Інститут отримав його ім’я, яким співробітники нинішнього ННЦ «ІСЕ ім. Засл. проф. М. С. Бокаріуса» пишаються до сьогодні.
У різні періоди установу очолювали:— відомий учений і судовий медик Микола Миколайович Бокаріус, керівництво якого (1931—1946) припало на роки Другої світової війни й окупацію Харкова фашистами, що не завадило зберегти кадровий потенціал і надбання науково-дослідної та експертної діяльності;
— доктор юридичних наук, професор Віктор Павлович Колмаков. За часів його управління (1946—1967) Харківська школа судових експертів отримала подальший розвиток за багатьма напрямками судової експертизи;
— заслужений юрист України, кандидат юридичних наук, доцент кафедри криміналістики Микола Васильович Скорик, під проводом якого (1967—1997) створено відділення та споруджено нову будівлю установи;
— кандидат юридичних наук, доцент, заслужений юрист України Михайло Леонідович Цимбал. Під його керівництвом (1997—2010) Харківський НДІ судових експертиз визнано найкращим за результатами державної атестації науково-дослідних установ судових експертиз Міністерства юстиції України за показниками раціонального використання науково-технічного потенціалу;
— кандидат юридичних наук Андрій Іванович Лозовий (2010—2016) працював в установі з 1989 року, зокрема на посадах завідувача лабораторії судових автотоварознавчих, будівельно-технічних досліджень, заступника директора інституту з експертної роботи, першого заступника директора;
— доктор юридичних наук, професор, заслужений юрист України Олександр Миколайович Клюєв (2016—2023);
— кандидат економічних наук, старший дослідник Сергій Анатолійович Тюлєнєв (2023—2025).
28 серпня 2020 року Указом Президента України № 366/2020 Харківському науково-дослідному інституту судових експертиз ім. Засл. проф. М. С. Бокаріуса Міністерства юстиції України надано статус Національного наукового центру.
Центр є членом найбільш представницької на теренах Європи міжнародної організації — Європейської мережі судово-експертних установ (ENFSI).Національний науковий центр «Інститут судових експертиз ім. Засл. проф. М. С. Бокаріуса» співпрацює майже із 20 експертними організаціями іноземних держав, із якими укладено відповідні договори: Литвою, Латвією, Польщею, Грузією, Вірменією, Молдовою, Чорногорією, Казахстаном, Румунією, Узбекистаном та ін. Також налагоджено наукове й експертне партнерство з провідними установами України.
Завдяки високій професійності, відмінним фаховим якостям і беззаперечній компетентності співробітники Центру проводять судові експертизи за понад 70 спеціальностями та сприяють розслідуванню найбільш резонансних справ.
Високий рівень якості проведення експертиз та експертних досліджень підтверджено:
— Атестатом про акредитацію на відповідність вимогам Міжнародного стандарту ISO/IEC 17025:201;
— Атестатом про акредитацію на відповідність вимогам Міжнародного стандарту EN ISO/IEC 17020:2014.
ННЦ ІСЕ видає друком фаховий збірник наукових праць «Теорія та практика судової експертизи і криміналістики» та журнал «Архів кримінології та судових наук». На базі Центру також функціонують наукова бібліотека, Науково-прикладний музей і Кабінет-музей Заслуженого професора Миколи Сергійовича Бокаріуса.